Lietuvai atgavus Nepriklausomybę, atsirado galimybė užsiimti Sovietų Sąjungos antireliginės politikos nesuvaržytais religijų tyrimais. Šalyje po truputį plėtojosi konfesiniai ir nekonfesiniai religijos tyrimai ir augo jais užsiimančių tyrėjų bendruomenė. 2001 m. spalio 1 d. susirinkę religijų tyrėjai nusprendė įkurti Lietuvos religijotyrininkų draugiją (LRD) – visuomeninę organizaciją, kuri vienytų religinius reiškinius moksliniais metodais tiriančius tyrėjus. Steigiamajame LRD susirinkime dalyvavo Gintaras Beresnevičius, Pranas Vildžiūnas, Miglė Krūminaitė, Andrius Navickas, Juozas Šorys, Audrius Beinorius, Jakaterina Lavrinec, Loreta Poškaitė, Vladimir Korobov ir Dainius Razauskas. Jos pirmininku buvo išrinktas religijų istorikas, baltų ikikrikščioniškos religijos tyrėjas Gintaras Beresnevičius. Veikloje numatyta plėtoti religijos studijas, grindžiamas ne teologinėmis (konfesinėmis) ar ateistinėmis nuostatomis, o mokslinėmis religijotyros prieigomis. Taip pat buvo iškeltas tikslas supažindinti Lietuvos visuomenę su užsienio religijotyrininkų darbais ir jų taikomais metodais, taip užpildant šios srities Lietuvos akademinio diskurso spragas ir prisidedant prie atviros visuomenės kūrimosi Lietuvoje. Netrukus, 2001 m. gruodžio 7 d., LRD surengė pirmąją konferenciją „Stabų erozija“. Deja, Draugijos veikla nebuvo aktyviai vystoma ir visai sustojo, kai 2006 m. mirė jos pirmininkas Gintaras Beresnevičius.
2011 m. birželio 6 d. susirinkę LRD nariai nusprendė atnaujinti jos veiklą. Vadovaujant religijos sociologei Mildai Ališauskienei, atsinaujinusi Draugija pritraukė naujų, įvairesnes religiją tiriančias disciplinas atstovaujančių narių bei gerokai išplėtė veiklos sritis ir mastą.
Daug dėmesio skirta tarptautiškumui ir tarptautiniams ryšiams stiprinti. 2012 m. LRD tapo Tarptautinės religijų istorijos asociacijos (angl. International Association for The History of Religions (IAHR)) ir Europos religijotyros asociacijos (angl. European Association for the Study of Religions (EASR)) nare. 2012 m. įvykusią antrąją nacionalinę mokslinę LRD konferenciją „Tarpdisciplininiai religijų tyrimai Lietuvoje: problemos ir perspektyvos“ sekė 2014 m. kartu su Tarptautine religijos tyrimų Rytų ir Centrinėje Europoje asociacija (angl. International Study of Religion in Eastern and Central Europe Association, (ISORECEA)) surengta tarptautinė mokslinė konferencija „Religijos diversifikacija pasaulyje ir Centrinėje bei Rytų Europoje“ bei kitos nacionalinės ir tarptautinės akademinės konferencijos.
Nuo 2015 m. LRD daug dėmesio skiria Lietuvos religijotyrininkų bendruomenės mokslinių tyrimų rezultatų sklaidai ir nekonfesinių religijos tyrimų populiarinimui visuomenėje. Bendradarbiaudama su įvairiomis kultūros įstaigomis, LRD organizuoja viešas paskaitas, skirtas supažindinti visuomenę su savo narių ir kitų mokslininkų tyrimais bei aktualijų komentarais.
Nuo 2018 m., vadovaujant religijos antropologei Rasai Pranskevičiūtei-Amoson, LRD ieško naujų veiklos sričių ir būdų. Pritraukusi ir atstovaudama religijų tyrėjus iš įvairių Lietuvos aukštojo mokslo institucijų, 2019 m. Draugija ėmė teikti religijotyrai ir kitoms religiją tiriančioms disciplinoms aktualius pasiūlymus mokslo administravimo institucijoms, ekspertines nuomones aukščiausioms valstybinėms institucijoms, komentavo su religija susijusius visuomenės procesus. LRD džiaugiasi augančia Lietuvos religijotyrininkų bendruomene ir prisijungiančiais jaunaisiais tyrėjais, kurie praturtins Lietuvos religijotyrą naujais tyrimų laukais ir perspektyvomis.